Selain lembaga legislatif, eksekutif, dan yudikatif, terdapat lembaga independen khusus yang menjalankan fungsinya masing-masing. Menurut Hukum Konstitusi, Mahkamah Konstitusi memiliki hak untuk meninjau undang-undang yang inkonstitusional, hak untuk mengadili terdakwa, dan hak untuk memutuskan pembubaran partai politik. Presiden, Majelis Nasional, dan Ketua Mahkamah Agung masing-masing mengangkat tiga hakim dan membentuk total sembilan hakim. Presiden dengan persetujuan Majelis Nasional mengangkat Kepala Mahkamah Konstitusi dari salah satu hakim-hakim tersebut. Dewan Pemilihan Umum Pusat menangani urusan yang berkaitan dengan pengelolaan pemilihan umum dan pemilihan rakyat secara adil serta partai politik dan dana politik. Seorang anggota komite memiliki masa jabatan enam tahun dan tidak dapat bergabung dengan partai politik tertentu atau terlibat dalam kegiatan politik. Ketua komite dipilih di antara anggota komite.

Dewan Nasional Hak Asasi Manusia berperan dalam mewujudkan martabat dan nilai-nilai penting manusia dengan melindungi dan memajukan hak asasi manusia. Dibentuk pada November 2001, dewan ini mencerminkan aspirasi rakyat dalam memperbaiki hak asasi manusia yang muncul selama proses demokratisasi pada masa lalu. Kewenangan dewan ini juga diperluas ke bidang pelanggaran hak asasi manusia dan tindakan diskriminatif yang dialami oleh orang asing yang tinggal atau bekerja di Korea Selatan.